Voor veel Amerikanen is Leiden, en met name ook de Pieterskerk, onlosmakelijk verbonden met de zogenaamde "Pilgrims", die een belangrijke rol hebben gespeeld in de begintijd van de kolonisatie van Noord-Amerika  

De Pilgrims vormden een godsdienstige groepering afkomstig uit Engeland. Onder het koningschap van Jacobus I zagen zij zich door dienstvervolgingen gedwongen te vluchten. Ze kwamen naar Nederland omdat daar een tolerant klimaat heerste, in 1609. Leiden kende in die tijd een groot aantal buitenlandse vluchtelingen. Bijna een derde van de totale bevolking van circa 40.000 zielen. Ook in Leiden genoten zij vrijheid van godsdienst, meningsuiting, pers en samenkomst.

De meeste Pilgrims werkten in de bloeiende Leidse textielindustrie. William Brewster publiceerde theologische geschriften. Een zijsteeg van de Pieterskerkchoorsteeg is naar hem vernoemd. Zijn Pilgrim's Press bracht de Leidse autoriteiten herhaalde malen in moeilijkheden door publikaties die tegen de Engelse koning waren gericht.

Een van de leiders van de Pilgrims, John Robinson, leefde tegenover de Pieterskerk in wat tegenwoordig het Pesijnshof is. De Pilgrims hielden bij hem hun diensten. Robinson is in de Pieterskerk begraven. Een gedenkplaat in de doopkapel van de kerk en een aan de buitenmuur (zuidkant) herinneren aan hem. Gegevens van de Pilgrims werden geregistreerd in de doop- trouw- en begraafboeken van de Pieterskerk, nu grotendeels ondergebracht in het Gemeente Archief Leiden.

  De linker rode stip is de plek waar de St Pieterskerk, de oudste kerk van Leiden, staat en de rechter rode stip stelt de lokatie van de Hooglandse kerk voor. (zie ook de oude kaart) 

Op den duur bleek Leiden voor veel Pilgrims toch niet geschikt als permanente vestigingsplaats. Enerzijds konden zij in Holland toch niet voor honderd procent aarden waar zij de Hollandse zeden en gewoonten te vrij vonden naar hun puriteinse beginselen. Anderzijds bestond er grote onzekerheid over hun toekomst in de Republiek op het moment dat het Twaalfjarig Bestand in 1621 zou aflopen. Wat zou hen te wachten staan als Jacobus dan Engelse soldaten naar Holland zou sturen om de Republiek bij te staan in haar strijd tegen Spanje? In 1620 zeilde een deel van de Pilgrims met de "Mayflower" naar Noord-Amerika om daar een nieuw bestaan op te bouwen. Andere groepen volgden, en tesamen vormden de Pilgrims de leiders van de kolonie New Plymouth.

De betekenis van de Pilgrims voor Leiden is niet erg groot geweest. Andersom lijkt er in ieder geval op één punt wel een belangrijke invloed te zijn uitgegaan van de sleutelstad. Naar verluidt is het Amerikaanse feest van Thanksgiving via de Pilgrims afkomstig van de Leidse 3 Octoberviering.